복통, 설사, 혈변 현상으로 병원에 갔더니 대장내시경을 해보자고 한다. 비용이 얼마나 나올지, 용종이 나오면 또 얼마가 추가되는지 걱정부터 앞선다. 핵심만 먼저 짚으면 이렇다. 복통·설사 같은 증상으로 병원에 가면 건강보험이 적용된다. 수면비만 비급여로 추가된다. 이 글에서 2026년 수가 기준으로 정확하게 정리한다.
2026년 대장내시경 수가와 본인부담금
앞에서 설명한 것처럼 복통, 설사, 혈변 등의 증상으로 병원에서 대장내시경검사를 하면 건강보험이 적용된다.
건강보험이 적용된다는 의미는 검사 수가를 국가에서 정할 뿐만 아니라 검사비의 일부(의원 30%, 병원 40%, 종합병원 50%, 상급종합병원 60%)만 본인이 부담하면 된다는 의미다. 크게 비싸지 않다는 의미도 된다.
※ 아래 건강보험 수가는 보건복지부 고시(상대가치점수 × 점수당 단가(환산지수) × 종별가산율)에 따라 계산한 금액이다.
① 대장내시경 검사 비용
건강보험이 적용되는 대장내시경 수가는 의료기관 종별로 약간 차이가 난다.
2026년 기준 대장내시경(세척소독료 포함) 수가와 검사 본인부담은 이렇다.

의료기관 종별 대장내시경 수가, 본인부담
· 의원 수가 12만 1,620원, 본인부담 3만 6,490원(30% 본인부담)
· 병원 수가 11만 3,720원, 본인부담 4만 5,490원(40% 본인부담)
· 종합병원 수가 11만 9,140원, 본인부담 5만 9,570원(50% 본인부담)
· 상급종합병원 수가 12만 4,550원, 본인부담 7만 4,730원(60% 본인부담)
여기에 진찰료 본인부담이 추가된다. 의원은 5,610원, 병원은 7,000원, 종합병원은 9,740원, 상급종합병원은 1만 2,860원이다.
검사 본인부담과 진찰료를 합산하면 의원 4만 2,100원, 병원 5만 2,490원, 종합병원 6만 9,300원, 상급종합병원 8만 7,600원이다.

② 수면으로 검사만 했을 때
수면비는 프로포폴 약제비와 진정 처치 비용을 합친 것으로, 건강보험이 적용되지 않아 전액 비급여다. 병원이 자율로 책정하며 통상 3만~5만 원 수준이다. 일부 10만 원 이상 받는 의료기관도 있으니 미리 확인하는 것이 좋다.
건강보험 본인부담에 수면비를 더하면 의원 기준 약 7만 2,000~9만 2,000원이 된다.
병원은 약 8만 2,000~10만 2,000원, 종합병원은 약 9만 9,000~11만 9,000원, 상급종합병원은 약 11만 8,000~13만 8,000원 수준이다.

③ 수면내시경검사 중 용종이 나왔을 때
대장내시경 중 용종이 발견되면 바로 제거한다. 증상으로 병원에 가서 검사 중 발견된 용종제거는 건강보험 급여가 적용된다.
용종 1개 기준 폴립절제술 본인부담은 의원이 6만 6,710원, 병원 8만 3,170원, 종합병원 10만 8,920원, 상급종합병원 13만 6,640원이다.
수면 검사비에 용종제거 본인부담을 더하면 비용은 아래와 같다.
· 의원 기준 용종 1개일 때 약 13만 9,000~15만 9,000원, 용종 3개일 때 약 16만 6,000~18만 6,000원
· 병원 기준 용종 1개 약 16만 6,000~18만 6,000원, 용종 3개 약 20만~22만 원
· 종합병원 기준 용종 1개 약 20만 8,000~22만 8,000원, 용종 3개 약 25만 3,000~27만 3,000원
· 상급종합병원 기준 용종 1개 약 25만 4,000~27만 4,000원, 용종 3개 약 31만~33만 원
커뮤니티에서 "용종 떼고 20만 원", "30만 원 나왔다"는 후기가 나오는 이유가 여기 있다. 병원 종별과 용종 개수에 따라 충분히 나올 수 있는 금액이다.

대장내시경 용종 제거 부작용 등 알아둘 점
대장내시경검사 도중 용종 제거한다면 K는 건강검진에서 대변 속 혈액을 검사하는 대변잠혈반응검사를 한 결과 양성 소견이 관찰되자 A 병원 내과에서 외래 진료를 받았다. 외래에서 실시한 혈
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④ 조직검사가 추가하면
용종을 제거하면 암 여부 확인을 위해 조직검사를 함께 진행한다. 조직검사 비용은 용종 크기와 개수에 따라 다르지만 통상 5만~10만 원 수준이 추가된다. 조직검사도 건강보험 급여가 적용된다.
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실손보험으로 돌려받을 수 있나
증상으로 방문해 받은 급여 본인부담, 수면비, 용종제거 비용은 모두 실손보험 청구가 가능하다.
건강검진 목적으로 방문했더라도 검사 중 용종이 발견돼 제거한 경우 용종제거 비용은 치료 행위로 인정돼 실손보험 청구가 가능하다. 단 검사비 자체는 청구가 안 된다.
실손보험은 가입 시기와 상품(1~4세대)에 따라 자기 부담금이 다르다. 청구 전에 본인 약관을 먼저 확인하자.

한눈에 비교
의원 기준으로 정리하면 이렇다. 수면 검사만 하면 약 7만 2,000~9만 2,000원이다. 용종 1개를 제거하면 약 13만 9,000~15만 9,000원, 용종 3개를 제거하면 약 16만 6,000~18만 6,000원이 된다. 조직검사까지 추가되면 5만~10만 원이 더 붙는다.
대학병원(상급종합병원)은 의원보다 본인부담률이 2배 높아 용종 1개 제거 시 약 25만 4,000~27만 4,000원까지 나올 수 있다.
복통이나 설사로 대장내시경을 받는다면 건강보험이 적용돼 비용 부담이 생각보다 크지 않다. 의원 기준 검사만 하면 9만 원대, 용종이 나와도 동네의원에서는 15만~20만 원 선이다. 대학병원을 선택하면 같은 상황에서도 30만 원 이상 나올 수 있으니 병원 선택도 비용에 영향을 준다.

건강검진 목적으로 수면 대장내시경을 받으면 비용 구조가 완전히 달라진다. 얼마나 나오는지는 다음 글에서 다룬다.
※ 이 글은 대장내시경 진료비 구조에 대한 정보를 제공하며, 실제 진료비는 의료기관에 따라 다를 수 있다.
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