의료법인 전환하면서 부동산, 부채 등을 일괄 양도했더니 양도소득세 부과

(의료법인 전환)

 

양도소득세부과처분 취소

1심 원고 승, 2심 원고 패, 대법원 상고 기각

 

의사인 원고는 0000병원을 운영하다가 현금 50억원을 출연해 2008. 6. 5. 위 장소를 주사무소로 하는 의료법인 00000의료재단을 설립했다. 

 

2008. 8. 1. 0000병원 운영과 관련, 자신이 보유한 00시 00읍 0리 대지 2,158㎡ 외 14개 부동산 등 자산(총액 249억 6189만원, 그 중 이 사건 부동산의 평가금액 194억 5923만원)과 부채 총액 201억 6621만원을 이 사건 의료법인에 포괄 양도했다.

 

원고는 2008. 10. 30. 이 사건 부동산에 대해 조세특례제한법에 따라 양도소득세 이월과세를 신청했다. 

 

이에 대해 피고 세무서는 원고의 법인 전환에 대한 양도소득세 이월과세신청을 받아들여 이월과세결정을 했다. 

 

이에 중부지방국세청은 원고에 대해 2009. 9.21.부터 10. 12.까지 양도소득세 세무조사를 하고 2009. 10. 20. 원고의 위 이월과세 신청 내용이 적정하다는 내용으로 세무조사 결과를 통지했다.

 

그런데 감사원의 국세청에 대한 감사 이후 피고는 원고 의료법인이 의료법에 따라 민법 중 재단법인에 관한 규정을 준용해 출연자의 재산 '출연'으로 설립했다고 판단했다.

 

이에 조세특례제한법상 이월과세의 요건으로 규정하고 있는 '출자'와 무관하다는 이유로 2010. 3. 11. 원고에 대해 2008년도 귀속 양도소득세 금 3,743,222,810원, 가산세 금 307,692,910원을 부과하는 처분을 했다.

 

원고는 양도자산 중 일부가 취득가액이 과소계상되었다는 이유로 2010. 5. 10. 피고에게 경정청구를 했고, 피고는 이를 받아들여 2010. 6. 21. 양도소득세 금475,300,022원과 가산세 금 39,069,658원을 감액하는 경정처분을 했다.

 

원고 주장

조세특례제한법 입법취지와 개정연혁에 비춰 전환하는 법인이 비영리법인이라는 이유만으로 양도소득세 이월과세 적용을 배제할 수 없다.

 

또 영리사단법인이어야 한다는 전제에서 '출자'라는 표현을 사용한 것이 아니라 대표적인 전환 형태를 상정해 위 표현을 쓴 것으로 봄이 타당하다.

 

그러므로, 이월과세의 요건으로 규정한 '출자'는 '출연'을 포함하는 것으로 해석해야 한다. 

 

따라서 비영리법인인 이 사건 의료법인으로 전환하면서 양도한 이 사건 부동산에는 양도소득세 이월과세가 적용되어야 한다.

 

대법원의 판단
원심은 조특법, 조특법 시행령에서 말하는 '출자'는 법인에 대해 그 구성원이 자본적 가치가 있는 지출을 하는 것으로서 그에 따라 법인의 이익을 분배받을 권리 등을 가지는 경우를 뜻한다.

 

그러므로, 재단법인의 설립자가 재산상 손실로 재단법인의 재산을 구성하되 그로부터 어떠한 이득을 취하지 않는 '출연'과는 본질적으로 다른 개념이라고 전제했다.

 

또 원심은 원고가 재산을 출연해 재단법인에 관한 규정이 준용되는 이 사건 의료법인을 설립하고 개인 사업체인 0000병원의 운영과 관련해 보유하던 이 사건 부동산 등 자산과 부채를 이 사건 의료법인에게 포괄적으로 양도했다고 하더라도 이 사건 부동산의 양도는 구 조특법 제32조에 의한 이월과세의 적용을 받을 수 없다고 판단했다.

 

나아가 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙에 반한다거나 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다는 원고의 주장에 대해서는 00세무서의 세무공무원이 자신의 담당업무가 아님에도 원고 측에게 이 사건 부동산의 양도가 이월과세의 적용을 받을 수 있다는 답변을 한 것은 피고의 공적 견해표명으로 볼 수 없다고 봤다.

 

이와 함께 조특법의 해석, 적용에 관한 원고의 오인은 가산세를 면제할 정당한 사유에 해당하지 않는다는 등의 이유로 이를 모두 배척했다.

 

앞서 본 규정과 관련 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 수긍할 수 있고, 거기에 이월과세, 신뢰보호의 원칙, 가산세 면제사유에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.

 

판례번호: 1심 15750번(2010구합157**), 2심 21302번(2011누213**), 대
법원 11607번(2012두116**)

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