병원 증축후 주차장 임대했더니 세무서 부가세 30억 환급 거부

주차장 임대

 

부가가치세 부과처분 취소
1심 원고 패

원고는 B병원과 함께 면세사업인 의료사업과 과세사업인 부동산 임대업, 주차장업, 장례식업 등을 겸업하고 있다.

원고는 서관, 동관 건물에서 병원을 운영하다가 신관건물을 완공하고 자치단체의 사용승인을 받고 취득세를 납부했다.

원고는 2009년 1월 이 사건 신관건물의 지하주차장을 직영하다가 00산업개발에 임대했다.

이후 원고는 2009년 제1기 부가가치세를 신고하면서 신관주차장이 면세사업에서 과세사업으로 전환된 것으로 판단, 매입세액 30억원을 반영해 부가가치세 27억여원 환급을 신청했다.

이에 대해 피고 세무서는 원고가 신관건물 전용사용면적을 기준으로 안분한 신관건물 신축 관련 공통매입세액에 대해 신관은 별도로 독립된 건물로 건축된 것이라기보다는 기존 병원을 증축 확장해 병원 전체의 일부로 운영되는 것으로 판단했다.

이에 2007년 제1기와 2기는 사용면적이 확정되지 않아 사용면적에 의해 실지귀속이 구분되지 않으므로 신축 관련 공통매입세액을 당해 과세기간의 병원 전체 공급가액을 기준으로 해 안분했다.

또 2008년 제1기에는 사용면적이 확정돼 실지귀속이 구분 가능하므로 액을 면세, 과세, 공통부분의 면적에 따라 안분한 후 공통부분의 매입세액은 다시 병원 전체의 과세, 면세 공급가액의 비율에 따라 안분하는 2단계 절차를 거쳐 각 과세기간 매입세액 불공제액을 재계산했다.

피고는 의료업을 주업으로 하고 있는 원고의 주차장업은 의료법 등 여타 부분과 공간적으로 별도로 구분하지 않고, 환자와 응급실 내원차량에게 소정시간 주차료를 받지 아니한 것은 원고가 주차장을 의료업에 제공하기 때문이라고 볼 수 있는 것이다.

 

그러므로, 주차장업도 의료법 등의 원활한 운영을 위한 것으로 보아야지 의료법 등과 별도로 운영하는 주차장업으로만 보기는 어렵다고 판단했다.

이에 직영주차장 공통매입세액을 병원 전체 과세, 면세 공급가액의 비율에 따라 재계산했다.

피고는 원고의 신관주차장에 관한 과세사업 전환에 따른 매입세액 공제신청에 대해 원고가 신관지하주차장을 외형상 임대했다고 한다.

 

하지만 실질상 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용하고 있다고 판단, 납부세액 재계산 대상(면세비율의 변동 5% 이상)에 해당하지 않는다고 보았다.

피고는 환급 현지확인 조사 결과에 따라 원고가 신청한 매입세액공제 30억원 환급을 거부했다.

원고의 주장
이 사건 신관건물에는 공급가액이 없었고, 과세사업과 면세사업에 사용할 예정사용면적이 명확히 구분되어 있으므로 부가가치세법에서 정하고 있는 바에 따라 신축공사비 매입세액 불공제액은 예정사업면적 비율이 적용돼야 한다. 

그럼에도 이를 배척하고 공급가액 비율을 적용, 부가가치세 불공제매입세액을 계산한 피고의 계산은 위법하다.

원고의 직영주차장은 병원의 다른 사업과는 명백하게 구분되는 사업으로서 실지귀속을 구분할 수 있는 경우에 해당한다.

설령 이와 관련된 매입세액을 공통매입세액으로 보더라도 부가가치세법 시행령에 의하면 직영주차장의 유료주차분 공급가액과 무료주차장 주차요금의 환산금액을 적용해 안분된 금액으로 불공제매입세액이 산정돼야 한다.

 

그런데 이런 방법을 적용하지 않고 불공제매입세액을 산정한 것은 위법이다.

신관주차장은 00산업에게 실질적으로 임대해 운영되고 있으므로 과세전환에 따른 부가가치세 매입세액 환급은 인정돼야 한다.

법원 판단
피고는 이 사건 신관건물이 기존 건물을 확장해 증축된 것이므로 귀속이 불분명한 공통매입세액은 병원 전체의 과세, 면세 공급가액 비율에 따라 안분해야 한다고 보았는 바 이를 위법하다고 할 수는 없다.

공통매입세액으로 본다고 하더라도 유료주차분의 공급가액과 무료주차분의 주차요금 환산금액 비율로 안분해 불공제매입세액을 계산해야 한다는 원고 주장의 방법은 주차장 영업이 의료사업과 독립된 별개의 사업으로서 과세사업과 면세사업을 동시에 하는 경우에 적용될 뿐이다.

 

원고의 직영주차장에는 적용할만한 법적 근거가 없다.

피고는 원고가 신관주차장을 임대했지만 실질적으로 직영하고 있다고 보았는 바, 원고가 이 사건 임대차계약을 체결함으로써 실질적으로 신관주차장을 임대했다고 보아야 한다.

 

그러므로, 처분의 경위에 잘못된 점이 있긴 하지만 불공제매입세액 계산과 결론에 있어 동일하므로 이 사건 각 처분 중 이와 관련된 부분이 위법하다고 할 수는 없다.

판례번호: 1심 1188번(2012구합189**)

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